Βλαστοκύστη είναι το στάδιο ανάπτυξης του εμβρύου την 5η με 6η ημέρα καλλιέργειάς του μετά την γονιμοποίηση. Αποτελείται από μεγάλο αριθμό κυττάρων (από 70 έως 200) και στο κέντρο του σχηματίζεται μια κοιλότητα με υγρό, τη βλαστοκοίλη. Η περιφερειακή μάζα των κυττάρων από την οποία θα σχηματιστεί ο πλακούντας ονομάζεται τροφοβλάστη και η εσωτερική από την οποία θα σχηματιστεί το έμβρυο εμβρυϊκός πόλος.
Τα έμβρυα μετά την γονιμοποίησή τους ξεκινούν τις κυτταρικές διαιρέσεις. Την 3η ημέρα που βρίσκονται στο στάδιο των 6 έως 8 κυττάρων μπορεί να γίνει εμβρυομεταφορά, κατά την οποία όμως συνεχίζουν τις διαιρέσεις και στο στάδιο της βλαστοκύστης που ο αριθμός των διαιρεμένων κυττάρων αυξάνεται ταχύτατα εμφυτεύονται στο ενδομήτριο.
Η τεχνική των βλαστοκύστεων παρατείνει την εργαστηριακή τους ανάπτυξη μέχρι την 5η -6η ημέρα για να παρακολουθηθούν από τον ειδικό, όπου και γίνεται η εμβρυομεταφορά των πλέον ακέραιων γενετικά, υγιών και περισσότερο αναπτυγμένων εξελικτικά εμβρύων, αφού μόνο αυτά μπορούν να φτάσουν μέχρι αυτό το στάδιο.
Η ολοένα αυξανόμενη ιατρική επιστήμη και τεχνολογία έχει επιτρέψει την καλλιέργεια των εμβρύων στο εργαστήριο μέχρι και το στάδιο της βλαστοκύστης, στο οποίο φθάνουν περίπου τα μισά από τα αρχικά γονιμοποιημένα ωάρια. Μπορεί με την μέθοδο αυτή να υπάρχει το μειονέκτημα της απώλειας αρκετών γονιμοποιημένων ωαρίων, ωστόσο τα έμβρυα που καταφέρνουν να αναπτυχθούν έως αυτό το στάδιο για μεταφορά ή κρυοσυντήρηση, είναι αυτά που έχουν πολύ περισσότερες πιθανότητες και δυναμική για να οδηγήσουν σε επιτυχημένη κύηση.
Η απόφαση της συνέχισης της καλλιέργειας των εμβρύων από την 3η ημέρα στην 5η (μέχρι δηλαδή το στάδιο της βλαστοκύστης), δεν βοηθά στην ποιοτική ανάπτυξη των εμβρύων αλλά προσφέρει την δυνατότητα στον εμβρυολόγο να επιλέξει τα πιο δυνατά και γρήγορα αναπτυσσόμενα έμβρυα, που κατά κανόνα έχουν τις διπλάσιες πιθανότητες εμφύτευσης από ένα καλής ποιότητας έμβρυο 2ης ημέρας.
Επίσης, η εμβρυομεταφορά σε αυτό το στάδιο έχει καλύτερο αποτέλεσμα και για την κατάσταση του ενδομητρίου, αφού προσομοιάζει περισσότερο στην φυσική σύλληψη.
Οι βλαστοκύστες μας βοηθούν παράλληλα στην αποφυγή πολύδυμων κυήσεων οι οποίες δημιουργούν αρκετές επιπλοκές, αφού η εμβρυομεταφορά γίνεται σε λιγότερα έμβρυα με αυξημένα όμως τα ποσοστά επιτυχίας λόγω της πολύ καλής τους ποιότητας.